1979年开始他的教练生涯，在随后的职业生涯中，他还执教了门兴、毕尔巴鄂竞技、皇马、本菲卡、沙尔克04和勒沃库森等俱乐部，他在1987年到1991年带领拜仁夺得两次德甲冠军，但在1990-91赛季中途离职。
2009年，他在临时担任拜仁主教练期间帮助球队获得了联赛亚军，但最终在赛季结束后离开。
2011年，安切洛蒂被解雇后回归执教拜仁，帮助球队再次获得了联赛冠军，2017年，安切洛蒂因为健康原因选择提前离任。
2013年6月4日，约瑟夫·海因克斯正式宣布了他的退休决定，他将不再担任任何足球队的主教练职务，在之后的几个月里，《踢球者》杂志被评为当年德国的年度教练。
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